孵化器的盈利模式如下：
1、租金类收入往大里面说是物业性收入，包括房租、物业管理费以及少量出售型物业等等，是孵化器最初级的收入方式，孵化器盈利模式中“现在模式”典型的代表，也是我国大部分孵化机构的主要收入方式之一。
2、服务类收入在租金类收入逐渐走低的趋势下，孵化机构开始把盈利重点转移。园区内建立各种收费性的服务机构，依靠为园区企业提供综合型的商务服务外包服务赚取服务费用。
3、国家补贴国家补贴是我国孵化机构弥补经营亏损的主要方式。国家补贴模式分两种，一种是成本性补贴，一种是收益性补贴。
4、股权收益股权收益就是孵化机构通过各种渠道方式分享入孵企业一定比例的股权，在企业毕业后，通过资本运作，出售所占有的股权实现资产增值。
5、投资收益该模式与股权收益的不同之处在于，股权投资是对企业进行投资，分享企业未来的发展潜力
企业孵化器是智慧活动场所，而不是一般服务场所。企业孵化器盈利能力由孵化器的投资者对创新的识别能力和自身的创新能力决定。
既然是依靠投资初创企业，并在它们获得成功后分享红利，那么，企业孵化器作为一个风险投资者代表，就必须具备创新识别能力去选拔入孵企业，甚至自己要具备创新能力来“复制成功”。只有相对（对手）更高识别能力，甚至拥有创新能力，才能选拔出相对高成功率的入孵企业组合，帮助入孵企业提高存活率。
提高入孵企业组合的成功率，意味着提高投资回报率，而且是指数式杠杆。风险投资习惯于投资组合计算投资回报，比如，入孵企业组合的成活率10%（1000万元投资组合里，平均投资每一企业100万元，九个企业死掉，一个企业生存并获得1200万元即12倍回报，投资组合的回报率是20%）。
如果企业孵化器有办法让多一个企业存活，那么，成活率从10%变成20%，投资组合的回报率从20%变成140%。成活率与回报率的关系是指数式杠杆关系。因此，成活率是投资效率的关键指标。
在中国，入孵企业成活率与创新能力和企业管理能力正相关。在互联网信息产业与产业价值链融合的背景下，重构产业价值链影响企业商业模式和管理模式。无论是入孵企业属于什么产业，他都会受到影响。企业孵化器首先要具备对产业价值链和企业商业模式的创新洞察力，才能正确识别入孵企业的发展潜能，甚至要具备企业商业模式的创新能力，才能帮助入孵企业提高成活率。
由此可见，企业孵化器盈利能力，取决于对创新的识别能力和自身创新能力。而不是一般性服务。
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